1995.
Ratna povijest Peruće počinje okupacijom brane i strojarnice HE Peruća 17. rujna 1991., nakon čega je neprijatelj zatvorio zatvarač na temeljnom ispustu, a podignuo preljevni zatvarač. Time je spriječeno ispuštanje vode iz akumulacije, koju koriste nizvodne hidroelektrane, tako da je krajem prosinca razina vode u njoj dosegla kritičnu razinu, te ugrozila branu. Prijetilo je preljevanje glinene jezgre i krune brane. Na pregovorima s neprijateljem, 1. siječnja 1992. godine, spušten je preljevni zatvarač za 90 cm čime je taj rizik donekle smanjen.
Međutim, u injekcijskoj galeriji i preljevnoj građevini ostalo je 20 do 30 tona eksploziva. U srpnju 1992. godine, UNPROFOR preuzima potpunu kontrolu i odgovornost za objekt. Međutim, usprkos obećanjima međunarodnih promatrača, 27. siječnja 1993. u poslijepodnevnim satima, okupatori su zauzeli objekt. Sljedećeg dana, 28. siječnja, snage UNPROFOR-a napuštaju elektranu, a postrojbe Hrvatske vojske uspjele su potisnuti neprijatelja koji je prigodom povlačenja, aktivirao eksploziv.
Dana 28. siječnja 1993. pripadnici Jugoslavenske armije i pobunjenih srpskih snaga aktivirali su eksploziv u kontrolnoj galeriji brane Peruća. Brana se dijelom ulomila, voda je prodrla u njenu unutrašnjost, teško je oštetila i prijetila potpunim uništenjem, te poplavom čitavom nizvodnog toka, sve do Omiša. Bio je to jedinstveni primjer katastrofičkog ratnog čina i rušilačkog scenarija protiv civilnog stanovništva. Srećom, istog dana stručnjaci HEP-a došli su na Peruću, te djelovali hitno i učinkovito. Otvoren je temeljni ispust i omogućen protok vode iz jezera. Katastrofa je izbjegnuta.
Tijekom 1993. sanirani su i pušteni u pogon agregati. Zbog teško oštećene brane, tijekom te i sljedeće godine razina akumulacije je vrlo niska (330 m.n.m.). Agregati rade s minimalnom snagom od 1,8 MW, odnosno ispod tehničkog minimuma. U kolovozu 1993. počela je sanacija brane. Odabrana je sanacija s glinobetonskom dijafragmom u središnjem dijelu brane (u glinenoj jezgri) zamjenom materijala u bokovima i gornjem dijelu brane. Brana je nadvišena za 1,5 metara čime je povećana zapremina akumulacije za 33 milijuna m3. Obnova je završila 1995. godine. Nakon te prve faze, u kojoj je prije svega sanirana brana, zbog lošeg stanja opreme započela je zamjena i obnova energetske opreme.
